Los marcadores en los archivos PDF son muy útiles, son el equivalente a los separadores de los libros de papel, pues son marcas que te ayudan a recordar hasta donde has leido, partes importantes del documento, etc., pero un buen programa que te permita editar, agregar y borrar esos marcadores es JPdBookmarks que es una aplicación programada en Java que funciona en Windows, Linux y Mac.
JPdBookmarks viene en 2 formas, en forma gráfica y también en línea de comandos, pero obviamente es mucho más fácil usarla con su interfaz gráfica, además en la interfaz gráfica incluye algunas características adicionales cómo opciones para cambiar el alto y ancho de las páginas, apariencia de los marcadores, organización jerárquica de los marcadores y más.
Es importante mencionar que la aplicación por sí misma no puede procesar los archivos PDF, así que debes tener instalado previamente Adobe Reader, Sumatra o culaquier otro lector de archivos PDF, para usar JPdBookmarks es muy simple, pues solamente tienes que importar el archivo PDF y del lado izquerdo verás los marcadores que ya tiene y ahí puedes ediitarlos y agregar nuevos.
Enlace para descargar JPdBookmarks (Vía Addictive Tips).
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